Sus controles conciernen a los gastos y los ingresos de los Gobiernos Federales, comunitarios y regionales, así como las diputaciones permanentes de las provincias.
El Tribunal de Cuentas está dirigido por un colegio de doce magistrados, quienes son regulados por funcionarios del Gobierno.
Estos están divididos de manera equitativa por idioma, por lo que existen dos salas de funcionamiento y un salón general que es utilizado en ocasiones extraordinarias y para la rendición de la cuenta mensual del gasto fiscal.
Cada sala está compuesta por un Presidente, cuatro consejeros y un secretario.
Ambos presidentes son designados por el Gobierno, y todos los miembros del Tribunal son elegidos por la Cámara Belga de Representantes por un periodo de seis años, tras los cuales se puede optar a la reelección.