Esta reconstitución mantuvo la esencia de su función consultiva, aunque las reformas posteriores se centraron en otros temas, como la segmentación del Consejo en salas o secciones para diferenciar las funciones del Tribunal Supremo Contencioso de las demás que le son asignadas por la Constitución y la ley (Reforma de 1945).

La actual Constitución la integra de manera integral en el contexto de independencia orgánica y funcional, al establecer explícitamente su pertenencia a la Rama Judicial.

En un tiempo en que la función pública era sinónimo de los partidos políticos, los temas electorales rápidamente comenzaron a colapsar el Tribunal.

La violencia asociada a los partidos políticos también se cebó en el Tribunal, resultando en la detención de su presidente, Santiago Herrera Gómez, quien fue encarcelado en la antigua Cárcel La Ladera.

En 2004, la cantidad de miembros llegó a nueve, y en 2006, se consolidó en diez.