Nacido en Sídney, Popovic cuenta con raíces croatas[1]​y creció durante su juventud en Fairfield, Nueva Gales del Sur.

[2]​Comenzó su carrera en el Sydney United y fue ascendiendo en las categorías inferiores, disputando 162 partidos en siete años con el primer equipo.

En la temporada 1997, fichó por el Sanfrecce Hiroshima de la J1 League, donde permaneció cinco años y marcó 13 goles en 94 partidos.

[10]​Sin embargo, una lesión en la pantorrilla a los 40 minutos de juego durante el segundo encuentro ante Brasil le impidió disputar los partidos restantes.

A pesar de ello, extendió su contrato por tres temporadas más con el club hasta finales del 2018.

[19]​En agosto de 2020, activó una cláusula contractual que le permitía dejar el club para irse a un equipo europeo.