Tras la retirada de Robinson en el verano de 2003, San Antonio formaría su particular "Big Three", con su líder Duncan, Parker y Ginóbili, así en la temporada 2003-04 acabaron terceros del Oeste y perdieron en PlayOffs frente a Lakers.

Al año siguiente, 2004-05, acabaron segundos del Oeste, pero llegaron a las Finales de la NBA, donde derrotaron a los vigente campeones, los Detroit Pistons por 4-3, ganando su segundo anillo en cuatro años en la NBA.

Durante la temporada 2010-11 San Antonio acabó primero del Oeste y se plantó en PlayOffs con el mejor récord de la liga, pero fueron sorprendidos en primera ronda por los Memphis Grizzlies de Marc Gasol y Zach Randolph.

[3]​ En el Eurobasket 2011, llegó a ser el máximo anotador y la principal estrella de la selección francesa.

Cabe destacar la brillante actuación contra Valencia Basket, en la cual tuvo una valoración de +40.

También participó en el partido de las estrellas en el equipo del Oeste donde anotó 6 puntos e hizo 4 asistencias en 12 minutos.

Al terminar la temporada 2011-12, durante su estancia en un bar, se produjo una pelea en la que Parker salió herido en un ojo.

Firmó el primer triple-doble de su carrera contra los Rockets, en Houston, partido en la que los Spurs se llevaron la victoria.

Parker fue seleccionado juntamente con su compañero Tim Duncan para participar en el partido de las estrellas del All Star 2013 en Houston, en el que anotó 13 puntos.

Parker, también fue seleccionado para disputar el Taco Bell Skills Challenge, el concurso de habilidades del All Star, dónde el ganador fue Damian Lillard.

Los Spurs se clasificaron para los playoffs, asegurando la segunda posición en la conferencia Oeste, y de la mano del Big Three de San Antonio (Parker, Duncan y Ginóbili) ganaron con un aplastante 4-0 a Los Angeles Lakers.

[13]​ Finalmente la selección Francesa se llevó el Oro por primera vez en su historia y Tony Parker entró en el quinteto ideal del Eurobasket 2013, junto a Goran Dragić, Bojan Bogdanović, Linas Kleiza y Marc Gasol, donde además, Tony Parker fue el MVP del torneo.

La eliminatoria finalizó 4-1 a favor de los Spurs, con lo que Parker se alzó con su cuarto anillo, promediando durante la final 18 puntos y 4.6 asistencias.

[29]​ También ha dado sus primeros pasos en la música con el álbum de su mismo nombre (Tony Parker).