[2]​ Fernández fue descubierto por el famoso scout dominicano de los Toronto Blue Jays, Epy Guerrero[3]​ y fue firmado como amateur sin reclutar.

[2]​ Fernández jugó bien para San Diego por dos años y luego comenzó la temporada de 1993 con los New York Mets.

[10]​ Un hombre muy delgado, Fernández tenía una inclinada, y vacilante postura de bateo[11]​ que le hacía aparecer como si no pudiera ser lo suficientemente fuerte para sostener el bate.

Fernández era un fanático del fitness, le gustaba comprar inusuales máquinas de ejercicios caseras y llevarlas al clubhouse.

Tony Cabeza Fernández terminó con promedio de .268, 211 hits, 20 dobles, 10 triples, 60 remolcadas en 788 turnos al bate.