En las tres temporadas que estuvo en su club natal, disputó más de 65 encuentros.

Le fue asignada la camiseta con el dorsal #7, heredada del gran Robert Pires.

"No es una lesión seria, pero sí extraña", había declarado Arsene Wenger en su momento.

Durante toda la última temporada amenazó con regresar pero ni siquiera pudo participar de un partido.

Tanto la rodilla derecha como los isquiotibiales de la misma pierna le traicionaron constantemente.

Por fin volvió a la acción el 12 de septiembre con gol en la victoria por 4–2 ante el Manchester City.

Su primer y único gol de la campaña lo anotó en la FA Cup ante el Leyton Orient con un cabezazo a los 53 minutos.

Al término de la campaña, Rosický realizó 34 apariciones con un gol a su favor, el Arsenal quedó cuarto en la Premier League.

Fue elegido por la afición como el mejor jugador del Arsenal para los meses de marzo y abril.

Se recuperó cerca al cierre de la temporada, jugando 10 partidos en la liga con dos tantos a su favor.

Anotó su primer gol de la temporada en la FA Cup, en la victoria frente al Tottenham Hotspur por 2-0.

Al inicio de la temporada 2006/07, Rosický fue nombrado capitán en reemplazo del retirado Pavel Nedvěd.

Su selección clasificó a la Eurocopa 2008, sin embargo, una grave lesión lo alejó de las canchas y se perdió el torneo continental.

Fue nombrado como capitán del equipo checo para la Eurocopa 2012 de Polonia y Ucrania.