Tiempo después, en una victoria por 3:1 sobre el S. C. Friburgo, se transformó en el jugador más joven en anotar un doblete en la Bundesliga, con dieciocho años y cuatro meses.

[7]​[8]​ En septiembre de ese año, a los veinte años y 203 días, se convirtió en el futbolista más joven en disputar cien encuentros en la Bundesliga.

A los veintidós años y seis días, se transformó en el más joven en jugar ciento cincuenta partidos en la liga.

[14]​ Cinco días después, marcó tres goles en la victoria por 3:1 sobre el Borussia Mönchengladbach, que dejó a su equipo primero en la Bundesliga.

[15]​ El 2 de noviembre volvió a anotar un triplete, en esta oportunidad al F. S. V. Maguncia en una goleada por 8:0, donde además dio dos asistencias.

Además, en ese encuentro llegó a los 75 goles en la liga, lo que lo volvió el tercero más joven en alcanzar esta cifra.

[18]​ En su primera temporada participó en 22 goles, marcando o dando la asistencia, en 52 partidos, siendo titular en la mayoría de sus presencias.

[23]​ En marzo de 2017 fue convocado por primera vez por Joachim Löw para jugar con la selección mayor, en un partido amistoso ante Inglaterra.

[28]​[29]​ El seleccionado alemán se coronó campeón tras derrotar a Chile en la final, y Werner finalizó como máximo anotador de la competición.