Walter comenzó su carrera como entrenador en la temporada 2006-07 como asistente técnico de Markus Kauczinski en el A-Juniors (U19) del Karlsruher SC.

En la temporada 2017-18, Walter sucedió a Danny Schwarz como entrenador del segundo equipo, con el que quedó subcampeón de la Regionalliga Bayern.

[9]​ Después de aproximadamente un año y medio sin trabajo, Walter fue nombrado como entrenador del Hamburgo S.V.

Si bien ganaron por 1-0 en la ida, durante la vuelta cayeron por 2-0 y no pudieron ascender a la Bundesliga.

Sin embargo, en la última jornada, el club cayó a la tercera posición por detrás del Heidenheim y el Darmstadt.

[12]​En la serie por el último ascenso, el equipo caería de manera categórica ante el VfB Stuttgart por 1-6 en el global.