[2]​ Zagorakis comenzó su carrera deportiva en el Kavala FC griego, en 1993, Zagorakis fichó por el PAOK Salónica, jugando en el club entre 1993 y 1998, ese año dio el salto a una de las grandes ligas de Europa fichando por el Leicester City, que por aquel entonces jugaba en la Premier League inglesa.

En el Leicester jugaría hasta el año 2000, ya que se encontraba descontento por no jugar de manera regular y regresó a Grecia para jugar en el AEK de Atenas, allí coincidió con muchos compañeros de selección como Demis Nikolaidis, Michalis Kapsis o Vassilis Lakis, con el AEK logró ganar la Copa de Grecia en el año 2002 contra el Olympiacos FC.

En julio de 2004 dejó el AEK para fichar por el Bolonia FC de la Serie A italiana, aunque jugó con regularidad, el club acabó descendiendo y Zagorakis prefirió abandonar el club, regresando a Grecia, esta vez de manera definitiva para fichar por el PAOK.

En 2005 regresó al PAOK, el club donde mayor parte de su carrera jugó y fue calurosamente recibido por los hinchas.

Zagorakis fue elegido diputado del Parlamento Europeo por el partido Nueva Democracia en las elecciones europeas de 2014.