La trama del episodio se centra en la producción de un musical escolar por parte del coro New Directions como tributo a la obra The Rocky Horror Show (1973), con elementos de su adaptación cinematográfica The Rocky Horror Picture Show (1975).

Mientras la entrenadora de los animadores Sue Sylvester (Jane Lynch) intenta sabotear la producción, el director del coro Will Schuester (Matthew Morrison) trata de volver a acercarse sentimentalmente a Emma Pillsbury (Jayma Mays), y los miembros del coro Finn (Cory Monteith) y Sam (Chord Overstreet) hacen frente a sus problemas con la imagen corporal.

[7]​ El episodio comienza mostrando los labios de Santana (Naya Rivera) cantando «Science Fiction/Double Feature».

Entonces vemos a Will llegando a la sala de profesores con su almuerzo y se sienta en la mesa donde estaba Emma, y para sorpresa de Will, ella estaba comiendo su sándwich sin haberle quitado los bordes, como siempre hizo.

Will le dice que el coro casualmente hará un musical escolar en honor a The Rocky Horror Picture Show.

Volvemos a ver a los chicos del coro practicando, esta vez «Damn It Janet», y cuando Finn se entera de que en una de sus escenas tiene que estar en ropa interior, se siente muy incómodo.

Carl interpreta «Hot Patootie – Bless My Soul», Sue le dice que la audición era para el doctor Frank-N-Furter y no para Eddie, de ese modo Mercedes decide levantarse y decir que será ella quien interprete al doctor Frank, entonces Sue dice irónicamente a Will que encontró a su Doctor, y al mismo tiempo a Eddie.

Llega el momento de presentare con el vestuario correspondiente, interpretan «Sweet Transvestite», pero es Sam quien después de ver cómo le quedaban los bóxer dorados que usaba la bestia “Rocky Horror”, decide no salir en la obra por vergüenza a que los demás lo vean así, y al mismo tiempo lo vean prácticamente casi desnudo.

Finn para dejar su inseguridad atrás, decide caminar por los pasillos del secundario vistiendo solamente calzoncillos, para sorpresa de todos.

Ante esto, el Director Figgins cita a Finn en su oficina y Will también está allí.

Sin embargo, le dice a los chicos que este musical es sobre aceptarse a sí mismos y sobre trascender los límites restrictivos preestablecidos mediante la expresión artística, y por lo tanto, decide que harán la obra, pero sin público, solo para ellos mismos.

Enseguida luego de esto vemos a New Directions interpretando «The Time Warp» en el auditorio.

[8]​ En una entrevista para The Advocate realizada unos meses después, en octubre, el miembro del reparto Chris Colfer eligió a «The Time Warp» como la canción que más les gustaría llevar a cabo en la serie y sugirió la posibilidad de realizar un episodio especial de Halloween en el que él y sus compañeros fueran personajes de Rocky Horror.

La escena que da inicio a «The Rocky Horror Glee Show» con el tema «Science Fiction/Double Feature», interpretado por Naya Rivera y representado por una boca de labios rojos sobre fondo negro, refleja el comienzo de la propia película The Rocky Horror Picture Show.

A dicha escena le sigue una prueba de vestuario en la que Lea Michele y Cory Monteith interpretan «Over at the Frankenstein Place».

«The Rocky Horror Glee Show» finaliza con una versión de «Time Warp» interpretada por todos los miembros del coro.

[26]​ «Time Warp» fue la única canción del EP que apareció en la lista estadounidense Billboard Hot 100 al alcanzar la posición de ochenta y nueve.

[27]​ En Irlanda registró su posición más alta a nivel internacional, donde llegó al número cuarenta y dos.

Online comentó que si bien anteriores tributos de Glee habían sido criticados por su enfoque en los números musicales, en prejuicio de la trama, "The Rocky Horror Show Glee" era una historia basada en los personajes y permitió "brillar más que en el canto y la danza".