En mayo de 1998, un grupo conformado por Minoru Okazaki, Minoru Maeda[2]​ y Hiroshi Washimoto, quienes trabajaron en Studio Junio, principalmente subcontratando y fundado por personal de Toei Animation, se independizaron de la compañía, y establecieron "Synergy Japan Limited".

Al año siguiente, participó como productor de animación de "Bakuten Shoot Beyblade 2002", coproducido con Japanese Animedia, desde entonces se centró en la producción real del trabajo de producción de medios de comunicación animados japoneses.

En 2005, se convirtió en un sistema de gestión conjunta con Shogakukan-Shūeisha Productions.

También se traslada la sede central después de la ampliación de capital y se cambia el nombre de la empresa a "SynergySP Limited Company".

En 2009, la sede central se trasladó de Ogikubo a la ubicación actual en Koganei.