Entre sus papeles más reconocidos en televisión se encuentran el del excéntrico millonario Jimmy James en la sitcom NewsRadio y la voz del depresivo peluquero del ejército Bill Dauterive y el jefe de Hank Hill en la serie animada King of the Hill (en un principio Root audicionó para el papel de Dale Gribble).

Algunos de sus papeles más reconocibles en el cine son el de Milton Waddams en Office Space, Gordon Pibb en Dodgeball: A True Underdog Story, Suds en Leatherheads y el director del instituto en la comedia producida por Judd Apatow Drillbit Taylor (2008).

Root es un actor habitual en las películas de los hermanos Coen, con quienes ha trabajado en O Brother, Where Art Thou?, The Ladykillers, No Country for Old Men y La balada de Buster Scruggs.

Actuó en la serie de HBO True Blood, interpretando a un vampiro llamado Eddie.

En 2018 comenzó a participar en la serie de HBO Barry, creada y protagonizada por Bill Hader.