El club fue fundado en 1993, está afiliado a la Real Asociación Belga con la matrícula nº 9264 y tiene los colores amarillo-azul.
Luego el equipo pasó cinco años en Primera Provincial, donde llegó a la ronda final varias veces.
En 2001, la puerta a la serie nacional del fútbol belga se abrió con el cuarto título de campeón en la joven historia.
Esto supuso que el FC Nieuwkerken ascendiera de Cuarto Provincial a Tercera División en nueve años.
En 2018, el nombre del club cambió a SK Nieuwkerken Sint-Niklaas y también se puso en uso un nuevo escudo.