Tiene como finalidades: a) Conservar valores sobresalientes de fauna, flora y paisajes o reliquias históricas, culturales o arqueológicas, para darles un régimen especial de manejo fundado en una planeación integral con principios ecológicos, para que permanezcan sin deterioro; b) Perpetuar en estado natural muestras de comunidades bióticas, regiones fisiográficas, unidades biogeográficas, recursos genéticos y especies silvestres amenazadas de extinción, para: 1) Proveer puntos de referencia ambientales para investigaciones científicas, estudios generales y educación ambiental: 2) Mantener la diversidad biológica; 3) Asegurar la estabilidad ecológica, y c) Proteger ejemplares de fenómenos naturales, culturales, históricos y otros de interés internacional, para contribuir a la preservación del patrimonio común de la humanidad.
328) Se organiza del siguiente modo: Santuarios de Fauna y flora (SFF): áreas dedicadas a preservar comunidades vegetales o de animales silvestres, útiles para conservar recursos genéticos de la flora o fauna nacional.
El primer parque fue declarado en 1960, el «Parque Nacional Natural Cueva de los Guácharos», con tan solo 9.000 ha, con el objetivo de preservar un complejo de cuevas que eran el hábitat del guácharo, el pájaro nocturno que le dio su nombre.
El último ha sido en 2009, el «Yaigoje Apaporis», entre los departamentos de Vaupés y Amazonas.
Las 56 áreas que integran el sistema se distribuyen territorialmente del siguiente modo: en la Región Andina, 25 (2 en el Nudo de los Pastos, 4 en la Cordillera Occidental, 6 en la Central y 13 en la Oriental); en la Región Caribe, 9; en la Orinoquía, 2; en la Amazonía, 10; en la Costa Pacífica, 6; y en las Islas de altamar, 3.