Durante toda su vida se mostró interesado por la botánica y su trabajo fue muy elogiado por los sucesivos directores de los Jardines Botánicos Reales de Kew: Sir William Hooker, Joseph Dalton Hooker y William Thistleton-Dyer.Durante años negoció con el sultán Barghash ibn Said de Zanzíbar, ganándose su confianza y prometiéndole la ayuda británica para enriquecer su reino en África Oriental mediante el comercio legítimo.El sultán emitió dos decretos limitando el comercio de esclavos en 1873 y 1886, aunque no erradicó por completo la esclavitud.Por desgracia, tras la Conferencia de Berlín el gobierno británico nombró a John Kirk cónsul en Zanzíbar para que presionara al sultán.John se mostró muy incómodo en su nueva posición, defendiendo los intereses británicos en el "Reparto de África".
