En 1993 comenzó su carrera profesional en Piacenza el club de su ciudad, donde además se formó, aunque nunca llegó a debutar oficialmente en este.

Para la temporada 1999-2000 llega a un acuerdo con la Lazio club del que era hincha desde pequeño.

Tras colgar las botas, Inzaghi comenzó a entrenar en las categorías inferiores de la Lazio en 2014.

[9]​ En la Copa de Italia, el conjunto laziale llegó a semifinales, pero perdió contra el AC Milan en la tanda de penaltis; mientras que en la Serie A, tras pelear durante todo el curso para clasificarse para la Champions, finalmente perdió la 4.ª posición en la última jornada del campeonato.

[10]​ En la temporada 2018-19, la Lazio solo pudo ser 8.ª en la Serie A, pero en cambio consiguió ganar la Copa de Italia.

Además, quedó eliminado en la Copa de Italia ante el Napoli y no pudo revalidar su título, pero sí que consiguió ganar la Supercopa de Italia a la Juventus, al igual como pasó el 2017, por 3 goles a 1, logrando Inzaghi un nuevo título como entrenador y para el elenco romano.

[23]​ Además, también logró conquistar su primer Scudetto al mando del Inter de Milán tras dominar el torneo con total autoridad.