Salido de la cantera del Sporting de Lisboa, Varela fue cedido al Casa Pia y Vitória Setúbal en sus primeros años como profesional.

Al terminar la temporada, gracias a sus sólidas actuaciones en el Estrela, que descendió de la primera división, Varela firmó un acuerdo de cuatro años con el campeón Porto, firmando como agente libre.

En su primera temporada en el Porto, Varela fue suplente por detrás de Radamel Falcao.

En la temporada 2011-12, con el nuevo entrenador Vítor Pereira, Varela perdió su importancia en el primer equipo.

Sus grandes actuaciones en el Oporto le hicieron ser convocado con Portugal.