Su padre era un ingeniero civil que fomentó el interés de Cray por la ciencia y la ingeniería.

El sótano de la casa familiar fue cedido al joven Cray como "laboratorio".

Vio acción en Europa y luego se trasladó al teatro del Pacífico donde trabajó para descifrar los códigos navales japoneses.

[7]​ Durante los años 50 trabajó en ERA -Engineering Research Associates- y en las compañías que la sucedieron, Remington Rand y Sperry Rand, donde fue uno de los principales responsables del diseño del ordenador UNIVAC 1103.

A finales de la década, Control Data, después de haber sacado al mercado el modelo CDC 7600 -para muchos la primera supercomputadora en sentido estricto- comenzó a perder interés en la supercomputación y Cray pensó en establecerse por su cuenta.

[12]​ En 1963, en un artículo de Business Week que anunciaba el CDC 6600, Seymour Cray expresó claramente una idea que a menudo se atribuye erróneamente a Herb Grosch como la llamada ley de Grosch: Las computadoras deben obedecer una ley cuadrática: cuando el precio se duplica, debe obtener al menos cuatro veces más velocidad.

Durante este periodo, Cray se sintió cada vez más molesto por lo que consideraba interferencias de la dirección del CDC.

Cray siempre había exigido un entorno de trabajo absolutamente tranquilo y con un mínimo de sobrecarga directiva, pero a medida que la empresa crecía se vio constantemente interrumpido por mandos intermedios que -según Cray- no hacían más que embobarle y utilizarle como herramienta de ventas presentándole a posibles clientes.

Paul, lo suficientemente lejos como para que el trayecto fuera demasiado largo para una "visita rápida" y las tarifas telefónicas de larga distancia fueran lo suficientemente altas como para disuadir la mayoría de las llamadas, pero lo suficientemente cerca como para poder asistir a visitas reales o a reuniones de la junta directiva sin demasiadas dificultades.

Tras algunos debates, Norris le apoyó y estableció un nuevo laboratorio en unos terrenos que Cray poseía en Chippewa Falls, su ciudad natal.

El 8600 se enfrentaba a dificultades similares y Cray decidió finalmente que la única solución era empezar de nuevo.

Cray no estaba dispuesto a trabajar en estas condiciones y abandonó la empresa.

Sin embargo su fundador se encontraba incómodo, pues la problemática empresarial le resultaba escasamente interesante y difícil de soportar.

El inventor se desvinculó entonces de la firma que había fundado años atrás e inició a finales de esa década un nuevo proyecto, pero las condiciones del mercado hacían ya entonces insostenible el esfuerzo inversor necesario para fabricar una supercomputadora que justificase su viabilidad comercial en términos coste/potencia, fundamentalmente debido a los progresos experimentados en las arquitecturas convencionales RISC y CISC.

[17]​ Cray recomendó usar el reverso de las páginas para que las líneas no fueran tan dominantes.

No ha habido cambios ni desviaciones significativas respecto al plan de junio".