Posteriormente se incorporó a los juveniles del CD Logroñés que le había seguido durante un tiempo.

En el CD Logroñés jugó en su etapa juvenil, posteriormente en el filial, y pese a que entrenó con el primer equipo, nunca debutó de manera oficial.

Durante 2013/16 su labor en la sombra fue fundamental para el crecimiento deportivo de la Cultural, desde León se espera que algún día Sergio pueda disfrutar trabajando para su club y alcanzar grandes éxitos.

En junio de 2016 el Deportivo Alavés y Josean Querejeta le brindaron la soñada oportunidad.

Prescindió de José Bordalás, el técnico del ascenso, le dio el timón a Mauricio Pellegrino y en poco más de un mes levantó un nuevo edificio descubriendo para el gran público a jugadores como Marcos Llorente o Theo Hernández.

[8]​ Personal Sergio Fernández integrante de la plantilla que ganó a domicilio al Elche....

Interdeportes....Si se puede (enlace roto disponible en Internet Archive; véase el historial, la primera versión y la última).