Ha sido dos veces campeona de África, ganando el título en el 2008 y 2012 respectivamente.

Ganó los tres partidos de su grupo, llegando así a semifinales, donde derrotó a Nigeria por 1 - 0, de este modo, Guinea Ecuatorial queda como campeón absoluto en la historia del fútbol femenino africano, y logrando romper la absoluta hegemonía que Nigeria tuvo en las anteriores 7 ediciones de la competencia.

En 2010 quedó en segundo lugar en la clasificación en el campeonato africano celebrado en Sudáfrica equipo que precisamente quedaba eliminado por las ecuatoguineanas en la semifinal perdiendo por 1 - 3 ante Guinea Ecuatorial que lograba así su clasificación para el mundial.

En varias ocasiones, algunas confederaciones africanas como la sudafricana, la camerunesa o la nigeriana, presentaron sus quejas ante la Confederación Africana de Fútbol denunciando que la selección femenina de Guinea Ecuatorial tenía a algunos hombres entre sus jugadoras, haciendo referencia principalmente a las hermanas burkinesas nacionalizadas, tildando que eso "es jugar con una ventaja injusta".

Desde 2006 hasta la actualidad, futbolistas procedentes de países tan dispares como Brasil (principalmente), Burkina Faso, Camerún, Nigeria y Malí representaron a Guinea Ecuatorial en las competencias internacionales.