Existe incertidumbre en torno a cómo se introdujo el fútbol en Bután en última instancia.

[2]​ Los equipos solían viajar desde todo el país para participar, algunos venían de tan lejos como Khaling.

[2]​ Estos jugadores indios eran llevados a Bután y se les daban trabajos en el Servicio Civil, aunque esencialmente su función era jugar al fútbol.

[5]​ Sin embargo, esta situación no podía durar y, con el tiempo, estos jugadores se retiraron o regresaron a su país de origen, creando un vacío de talento que afectaría gravemente al equipo nacional en los años venideros.

[10]​ No está claro si se llevó a cabo un partido por el tercer lugar entre Bután y Maldivas.

Bután fue sorteado en el grupo B de la competición junto con India y Nepal.

[11]​ La selección nacional no jugó ningún partido en los dos años siguientes, ya que los Juegos del Sur de Asia se convirtieron en una competencia bianual,[7]​ aunque nuevamente enviaron un equipo a la tercera edición de los juegos en Calcuta, India.

Este torneo resultó ser uno de los puntos más bajos en la historia del equipo nacional, que se había formado apresuradamente.

[cita requerida] Una derrota inicial por 3-0 ante Nepal quizás no sorprendió, ya que Bután nunca había logrado un resultado positivo contra sus vecinos del Himalaya y, hasta ese momento, solo les había marcado un gol en la Copa ANFA en 1982.

[15]​ Siete de los diez jugadores de campo kuwaitíes pusieron sus nombres en el marcador ese día, incluyendo a Bashar Abdullah, quien anotó ocho goles, y a Jassem Al-Huwaidi, quien anotó cinco.

[18]​ Sus derrotas en la clasificación para la Copa AFC en 2000 dejaron a Bután clasificado como el segundo peor equipo nacional del mundo con trece puntos en el ranking oficial de la FIFA, situado entre Samoa Americana por encima y Montserrat por debajo.

[21]​ El juego comenzó fuertemente a favor de Montserrat y Bután luchó por contenerlos en los primeros intercambios.

Sin embargo, los nervios iniciales se calmaron después de cinco minutos, cuando Wangay Dorji anotó un gol para darle la ventaja a Bután.

[21]​ Esto les dio el impulso para presionar, pero su definición fue floja y no pudieron convertir las oportunidades que crearon.

[7]​ Sin embargo, en la siguiente etapa fueron emparejados con oponentes mucho más fuertes en forma de Arabia Saudita, Indonesia y Yemen.

[24]​ Enfrentados a este aumento en la calidad, Bután fue superado en los seis juegos de clasificación, perdiendo todos ellos y nuevamente sin anotar un solo gol en el proceso.

[26]​ Aunque no lograron anotar y no avanzaron a la competencia principal, el empate contra Brunéi fue su primer resultado positivo de cualquier tipo en casi tres años, siguiendo un empate similar 0-0 con Mongolia y puso fin a una racha de once derrotas.

[7]​ No jugaron partidos internacionales durante los dos años siguientes, volviendo a la escena continental en la Copa Desafío de la AFC 2008.

[27]​ Bután construyó sobre los resultados positivos que habían obtenido en los dos torneos anteriores cuando participaron en la Copa Dorada de la SAFF 2008.

[28]​ No pudieron repetir la actuación contra los anfitriones de Sri Lanka en su siguiente partido, perdiendo 2-0, pero se recuperaron en su último partido para registrar una victoria por 3-1 sobre Afganistán, con Yeshey Gyeltshen anotando dos veces y su tocayo Yeshey Dorji anotando el tercero antes de que H.A.

[28]​ Sri Lanka venció a Bangladés en el otro partido de grupo para asegurar que Bután terminara en segundo lugar en el grupo y se clasificara para las rondas eliminatorias de un torneo por primera vez en su historia.

[32]​ El equipo jugó solo un partido en 2012, una derrota amistosa por 5-0 ante Tailandia,[33]​ antes de la Copa SAFF 2013.

[38]​ Este resultado incluso recibió elogios del entonces presidente de la FIFA, Joseph Blatter, quien describió el resultado como "un momento maravilloso e histórico" en Twitter, aunque el entrenador de Sri Lanka, Nikola Kavazovic, aunque reconoció que Bután fue el mejor equipo, se mantuvo seguro de que su equipo finalmente sería victorioso.

Sin embargo, Sri Lanka empató antes del descanso a través de Subash Madushan.

[41]​ Un gol anulado para cada equipo aumentó la tensión a medida que avanzaba el partido, pero en tiempo de descuento al final del segundo tiempo, Gyeltshen anotó su segundo gol del partido para sellar una victoria por 3-1 en el agregado,[41]​ asegurando su avance a la segunda ronda en la sección de clasificación de la AFC, mientras que Sri Lanka fue eliminada.

[42]​ Para la siguiente etapa, Bután fue sorteada en el Grupo C, junto con China, Catar, Hong Kong y las Maldivas, todos equipos con un ranking más alto que Sri Lanka en el ranking de la FIFA.

En su primer partido, perdieron 7-0 contra Hong Kong en el Estadio Mong Kok,[43]​ y luego 6-0 menos de una semana después contra China en Changlimithang, la primera vez que Bután había sido derrotado en casa en un partido internacional oficial a pesar de su bajo ranking.

En primer lugar, una derrota en casa por 4-3 ante las Maldivas, en la que Bután mostró un espíritu de lucha para remontar un 4-0 en los últimos cinco minutos.

[52]​ Su rendimiento fue idéntico a sus esfuerzos en los últimos cuatro torneos, ya que el equipo perdió los tres partidos del grupo, comenzando con una derrota por 3-1 ante las Maldivas, con Tshering Dorji anotando para Bután después de 20 minutos,[53]​ seguida de dos derrotas por 3-0 ante Afganistán[54]​ y Bangladés,[55]​ quedando eliminados del torneo.