2) La segunda fase se denomina hexagonales finales, el cual está conformado por los equipos que ocupen las primeras 4 posiciones de cada grupo al finalizar los dos torneos anteriormente mencionados.

Los hexagonales se formaran con base a los 10 equipos, del 1° al 10°, de la Tabla Acumulada, donde los poseedores de las posiciones impares se asignan al hexagonal A, y los poseedores de las posiciones pares al hexagonal B.

Los Hexagonales se jugarán a dos vueltas cada uno, y al finalizar el equipo que ocupe el primer (1°) lugar en cada hexagonal asciende a la Primera División 2020.

Al final de la primera fase y basándose en la Tabla Acumulada, los equipos no clasificados a los hexagonales, jugarán una fase final donde se dividirán en 3 grupos de 4 equipos cada uno, conformados por proximidad geográfica; enfrentándose nuevamente en partidos de ida y vuelta, con tabla clasificatoria independiente cada grupo, y donde el último de cada una desciende a la Tercera División 2020.

[2]​ Los equipos Ciudad Vinotinto, Dynamo Puerto FC y Fundación AIFI, harán su debut en la categoría.