[10]​ La secretaría permaneció durante el gobierno de Raúl Alfonsín[11]​ y en 1990 bajo el gobierno de Carlos Menem, su jerarquía fue rebajada a subsecretaría.

[14]​ Posteriormente en 1996 se constituyó la «Secretaría de Energía y Transporte»;[15]​ el mismo año, este organismo se fusionó con la Secretaría de Obras Públicas, formando la «Secretaría de Obras y Servicios Públicos».

[19]​ En 2003 el presidente Néstor Kirchner creó la Secretaría de Energía en el ámbito del Ministerio de Planificación Federal, Inversión Pública y Servicios.

[26]​ En 2015 el presidente Macri designó al expresidente de Shell Argentina, Juan José Aranguren, ministro de Energía y Minería.

En 2019 el presidente Fernández designó al ingeniero nuclear Sergio Lanziani como secretario del área, quien en agosto de 2020 fue reemplazado por Darío Martínez.