El análisis genético demostró que se trata de un linaje claramente establecido que incluye sin lugar a dudas las anteriormente conocidas como subespecies de C. apella: C. a. macrocephalus, C. a. peruanus y C. a. maranonis, y de C. libidinosus: C. l. juruanus y C. l. pallidus.

No incluye en cambio a los capuchinos del centro y oriente de Colombia C. a. fatuellus, que además de conformar un grupo aparte, están cercanamente relacionados con C. a.

[3]​ Esto coincide con el análisis morfológico que identifica un tipo diferente de capuchino en la Amazonia occidental.

Suelen presentar sobre sus cabezas mechones o crestas sagitales de poco desarrollo; cráneos relativamente grandes; los pelos ventrales de color rojizo o parduzco en la mayoría de los ejemplares; una banda dorsal generalmente distintiva, más oscura que los flancos; y pelos en los flancos generalmente marrón-rojizos, al igual que en los hombros.

[5]​ Viven en manadas, recorriendo un territorio en busca de alimento: frutos, hojas tiernas, y pequeños animales.