La historia comienza en 1969, cuando empresarios de San Luis Potosí decidieron crear un equipo de baloncesto profesional, no sólo que participara en el Circuito Mexicano de Básquetbol (CIMEBA), también que peleara por estar entre los mejores equipos del país.

El inicio no fue nada sencillo, pero pronto consiguieron hacerse de un estilo de juego agradable y ganador que se vio reflejado en los resultados.

El equipo en el CIMEBA estuvo siempre entre las mejores quintetas y fue en la temporada 1971-1972 cuando se logra el primer título nacional.

En el año 2020, debido a los problemas económicos que ocasionaría la ausencia de espectadores en el estadio durante la pandemia ocasionada por el virus SARS-CoV-2, el equipo se vio forzado a no participó en la temporada 2020 de la LNBP,[4]​[5]​ esperando su retorno en la próxima contienda.

Santos San Luis juega sus partidos de local en el Auditorio Miguel Barragán, en la capital potosina.