[4]​ San Juan Yuta está a 1557 metros de altitud.

Está ubicada a 17° 01' 18" latitud norte y 97° 10' 16" longitud oeste.

La comunidad se encuentra ubicada en un cañón formado por un brazo del Río Verde, aunque hay una gran cantidad de arroyos y ojos de agua.

La totalidad de los terrenos está formada por cerros y montañas.

Del total de la población 160 personas hablan el mixteco, divididos en 75 hombres y 85 mujeres.