[6][7] Precisamente esa Europa League sería el primer título que logró con el Atlético.Meses después, el 24 de noviembre anotaría su primer gol en Primera División ante el RCD Espanyol.El partido terminó con un empate a uno y en el partido de vuelta, en el que Saúl participó como suplente, el Atlético ganó uno a cero proclamándose así campeón de la Supercopa.Entró al campo en el minuto 75 en sustitución de Mario Suárez, en la derrota por tres a dos ante el Olympiacos en el Estadio Georgios Karaiskakis.[12] En su primera temporada completa en el equipo de Simeone fue un jugador importante en la rotación, por lo que acabó renovando su contrato hasta 2020.[15] En la campaña 2016-17 mantuvo su estatus de titular y volvió a repetir cifra goleadora, con nueve tantos.[18] En su cuarta temporada, conquistó la Liga Europa tras superar al Olympique Marsella en la final por 3-0.[23] Jugó 23 partidos, anotando un gol en la FA Cup contra el Luton Town F. C., y el 8 de junio el conjunto londinense comunicó que iba a volver al Atlético de Madrid.Con la selección sub-21, disputó el Europeo 2017, campeonato del que fue máximo goleador con cinco tantos y en cuya semifinal ante Italia (3-1), anotó los tres goles de la victoria que clasificaron a España a la final.
