Jugó en la Bundesliga de Austria, máxima competición futbolística del país.

Tras proclamarse campeón de esa división 3 años después, asciende a la Bundesliga austriaca en la temporada 2003/04.

Además el SV Mattersburg llega por primera vez en su historia a disputar la final de la Copa de Austria del año 2006, aunque cae finalmente frente al FK Austria Viena.

En la temporada 2006-07 el equipo perdió frente al Wisla Cracovia, y en la 2007-08, tras superar al FK Aqtöbe de Kazajistán, cayó ante el FC Basel suizo.

En la temporada 2005-06 fue el club que logró un mayor aforo en cada partido como local.