En 1988 se fusionó con la Sociedad Recreativa Boetticher y Navarro, equipo de la Empresa Boetticher, creando la Sociedad Recreativa Villaverde Boetticher Club de Fútbol, cambiando el nombre al actual S.A.D Villaverde San Andrés en el año 2017.

En la temporada 2006-2007 el equipo no pudo ascender a Tercera porque no se pudo instalar el césped de hierba artificial, requisito mínimo requerido.

El equipo mantuvo así el campo de arena y la categoría preferente.

Además, los jugadores estrenaron equipación y nueva web.

En 2016, tras 20 años sin militar en Tercera División, se consigue el ascenso de categoría desde el grupo 2 de Regional Preferente tras quedar campeón con 68 puntos.