Germana se hizo religiosa y Egon terciario franciscano.

Terminó sus estudios de filosofía y teología en Rottenburg.

Practicaba el deporte y le gustaba sobre todo la natación.

[4]​ Lo consultó con el obispo Kepler, que le dio su autorización.

[4]​ Como consecuencia de la persecución sufrida en Alemania, los jesuitas habían instalado su noviciado en Feldkirch, Austria.

[4]​ El segundo año de su noviciado fue a Valkenburg, Países Bajos, para repasar teología.

Luego se trasladó a Wijnandsrade, Países Bajos, para la tercera probación.

Participó en numerosas misiones populares bajo la dirección del sacerdote Archembrener.

Los reunía dos veces por semana y les daba dirección espiritual.

[4]​ Al comienzo de la Primera Guerra Mundial, Baviera se sumó a la guerra para apoyar a Alemania, que consideraban un pueblo hermano.

Aunque Rupert Mayer se encontraba exiliado de Alemania por ser jesuita, no dudó un instante en que su deber era estar al lado de los alemanes.

[4]​ Mayer compartió la vida de los soldados, escuchándolos y administrándoles los sacramentos.

Él solía decir «mi vida está en las manos de Dios».

Convencido de que el Partido Nacionalsocialista no era cristiano, en 1923 Rupert Mayer se presentó en la famosa cervecería muniquesa Bürgerbraü para participar en un debate titulado «¿Puede un católico ser nacional-socialista?».

[8]​ Mayer criticó los incumplimientos del Concordato de 1933 y la represión a los que participaban en algunas actividades católicas.

[4]​[9]​ Las condiciones del campo eran más duras que en una cárcel y, probablemente porque las autoridades alemanas no querían convertirlo en un mártir, lo trasladaron a la benedictina de Ettal, donde permaneció incomunicado, salvo algunas visitas de la familia más cercana.