[2]​[3]​[4]​[5]​ Su apodo de Das (Tor)Phantom (El (Gol)Fantasma) viene de su época en el Bayern Múnich, debido a su habilidad para marcar goles desde cualquier parte del campo.

En su segundo año con los «Geel en Zwart» fue un fijo en las alineaciones titulares, llegando a disputar los 34 partidos de liga y marcando 11 goles.

En su primera temporada no logró adaptarse al equipo, en gran parte debido a los problemas extradeportivos en el club, con numerosos cambios de entrenador.

La temporada siguiente marcó 14 goles en 36 partidos, con ese registro de goles fue el máximo goleador del Tenerife en liga, pero no pudo evitar el descenso de su equipo a la Segunda División.

En los octavos fueron eliminados por el Arsenal que luego sería subcampeón de dicha competición.

[14]​ Con su compañero Diego Tristán formó una delantera de lujo marcando entre ambos 37 goles en esta temporada con el EuroDepor, lo que los llevaría al segundo puesto de la liga, solo por detrás del Real Madrid.

En la temporada 2001-02, no marcó goles con facilidad y su compañero Diego Tristán es quien asumió el papel de goleador en ataque ganando el Trofeo Pichichi de la Liga con 21 goles.

En la Liga de Campeones, su equipo llegó hasta los octavos de final, donde se enfrentó al Real Madrid que les eliminó por 2-1, siendo Makaay el autor del único gol alemán.

Siguió marcando goles en Liga, pero en la Liga de Campeones apenas marcó dos goles en 8 encuentros, que no sirvieron para levantar el trofeo, al quedar eliminado a las primeras de cambio por un gran Milan liderado por Filippo Inzaghi y Andriy Shevchenko.

[34]​ A pesar de ir de más a menos desde que llegó al club alemán, fue el máximo goleador del Bayern Múnich las cuatro temporadas que él estuvo en Alemania.

[36]​ A nivel individual, consiguió 16 tantos para quedar en 4.ª posición por el título de goleo, empatado con otros 2 jugadores.

[39]​ En el último partido de liga que disputó marcó un triplete al Heerenveen.

Su primer gol con la selección tendría que esperar hasta el año 2002 en un amistoso contra Estados Unidos en Boston.

[42]​ Jugó 43 partidos,[2]​ donde sólo marcó 6 goles, y dos Eurocopas en donde ambas llegó a las semifinales.