Es el hermano gemelo del también futbolista Frank de Boer.

[1]​ Destacó como centrocampista por la parte derecha, o también ocupaba la posición de delantero.

Desde pequeño se inició en las inferiores del Ajax de Ámsterdam, en 1987, entrenado hasta ese entonces por Johan Cruyff.

En el Ajax desarrolló mayoritariamente su carrera, y en este club logró todos los títulos posibles en los Países Bajos, Europa, hasta ganar la Copa Intercontinental, con Louis van Gaal como su entrenador.

En 1998 emigró al FC Barcelona, junto con su hermano Frank en donde sólo alcanzó a ganar una Liga, junto varios futbolistas neerlandeses e internacionales, como Patrick Kluivert, Phillip Cocu o Boudewijn Zenden.