Juntamente con la línea argumental bélica se desarrolla un triángulo amoroso entre Rick Hunter, Lisa Hayes (Primer Oficial de la nave SDF-1) y Lynn Minmei, una joven que se convertirá en estrella del espectáculo.

En 1999 una nave de origen extraterrestre se estrella en una isla del Pacífico Sur llamada Macross.

Las naciones de la Tierra, en aquel momento inmersas en una violenta Guerra Civil Global, acuerdan formar un Gobierno de la Tierra Unida para organizar la defensa mundial frente a un posible ataque extraterrestre.

Basada y modificada a partir de la serie Super Dimensional Cavalry Southern Cross, abarca desde el capítulo 37 al 60.

El Decimoquinto Escuadrón tiene una participación ejemplar en la guerra, realizando peligrosas misiones y causando graves daños a los Maestros de la Robotecnia.

Basada y modificada a partir de la serie Genesis Climber Mospeada, abarca desde el capítulo 61 al 85.

Además, la Fuerza Expedicionaria, al mando del almirante Rick Hunter, conquista Marte y se instala ahí para preparar la reconquista.

Desde Marte lanza una serie de ataques para recuperar el control del planeta.