Baggio jugó para Italia en 56 partidos, anotando 27 goles, y es el cuarto máximo goleador conjunto de su selección nacional, junto con Alessandro Del Piero.

Protagonizó la selección italiana que terminó tercera en la Copa Mundial de la FIFA 1990, anotando dos veces.

Baggio es el único italiano en anotar en tres Copas del Mundo, y con nueve goles tiene el récord de más goles marcados en torneos de la Copa del Mundo para Italia, junto con Paolo Rossi y Christian Vieri.

Allí fue entrevistado por el presentador de la televisión italiana Fabio Fazio y además leyó una carta dirigida especialmente a los jóvenes.

Cuando disputó su primer partido como bianconero contra la Fiorentina, Baggio se negó a lanzar un penalti, declarando: «Me he entrenado mucho con Mareggini y sabe muy bien como tiro los penaltis».

Baggio siempre consideró esto como una mala decisión en su carrera, ya que fue apartado de la titularidad por el entrenador Marcello Lippi.

Tras solo dos temporadas como nerazzurro y debido a las malas relaciones con Lippi, Baggio decidió abandonar el club lombardo.

Baggio se retiró habiendo marcado 205 goles en toda su carrera en la Serie A, el sexto mayor récord tras Silvio Piola, Gunnar Nordahl, Giuseppe Meazza, Francesco Totti y José Altafini.

Es además el único jugador italiano que ha jugado y anotado en tres mundiales, con un total de 9 goles, junto a Paolo Rossi.

Pese a sus estadísticas, no pudo conquistar ningún trofeo oficial con el combinado nacional.

Esto debido a que, tras fallar el penalti decisivo, se quedó de pie mirando al infinito, como si hubiera muerto en ese momento.

El seleccionador italiano Dino Zoff no convocó a Baggio, para la Eurocopa 2000, como tampoco lo convocó Giovanni Trapattoni para el Mundial 2002, esta decisión fue muy criticada desde Italia, demostrando que lamentablemente muy pocos futbolistas que debutaron en 1990, no lograron llegar al primer mundial del siglo XXI que fue el 2002, se quedan en 1998 como su tercer mundial después de 1994.

Poco después, Baggio insinuaba su retirada definitiva de la selección al decir: «Tras dos años, he decidido quedarme en Italia, escogiendo Brescia y Mazzone que probar para intentar ganarme un puesto en el Mundial».