En 1997 regresó al Dinamo por tres temporadas, en las que ganó sendas ligas nacionales, y después probó suerte en distintos países hasta su retirada del fútbol profesional en 2004.

Prosinečki es recordado como uno de los jugadores más técnicos que han representado al fútbol yugoslavo y croata.

Robert nació en Schwenningen, una localidad de Alemania donde sus padres Đuro Prosinečki (croata) y Emilija Đoković (serbia) vivían como trabajadores inmigrantes.

Era obvio que estábamos delante de un jugador con clase, e inicié en seguida el proceso para contratarle.

Con semejante palmarés, la difícil situación de Yugoslavia motivó que los principales equipos europeos quisieran hacerse con sus servicios.

En junio de 1991, el Real Madrid —entonces entrenado por Radomir Antić— llegó a un acuerdo con Prosinečki para hacerse con sus servicios, venciendo en la pugna al AC Milan.

[6]​[7]​ Aunque el presidente Ramón Mendoza no facilitó datos, se estima que pagó 550 millones de pesetas.

[16]​[17]​ Además los blancos sufrían una grave crisis deportiva que terminó con la salida de Floro a mitad del curso.

[21]​ Sin embargo, el Fútbol Club Barcelona se entrometió en la operación y presentó a Zoran Vekic, agente del croata, una oferta superior.

[22]​[23]​ Ramón Mendoza no quería que su eterno rival se llevara gratis al centrocampista, pero la mala situación económica del Real Madrid precipitó su salida.

[7]​ En Barcelona volvió a sufrir lesiones musculares que le hicieron perderse el primer tramo de la temporada.

Al año siguiente su papel con Bobby Robson quedó reducido a partidos amistosos, por lo que se especuló su salida en el mercado invernal.

[26]​ Su llegada fue muy bien recibida por los aficionados y suponía el regreso del mediocentro al club donde inició su carrera profesional.

Volvió a encontrarse con Miroslav Blažević, esta vez director técnico nacional, y fue convocado para la Copa Mundial de 1998 en Francia.

Esa decisión no gustó nada a Robert, quien sintió que fue «la mayor humillación de mi vida».

Por otra parte, se convirtió en el primer jugador que marcó gol para dos selecciones distintas en un Mundial: Yugoslavia en 1990 y Croacia en 1998.

Acabaría denunciando a la entidad por un presunto impago de 750 000 euros, pero la demanda fue desestimada nueve años después porque, para la justicia croata, el hecho de que el «Croacia Zagreb» hubiese recuperado la denominación «Dinamo» le convertía a efectos legales «en un club distinto».

[4]​ Recaló gratis en el modesto Hrvatski Dragovoljac y jugó cuatro partidos, a la espera de que su representante le encontrara hueco en una liga europea.

Aun así, Robert fue uno de los pocos que rindió a un buen nivel: 33 encuentros disputados y 9 goles.

En el año 2002 se fue al NK Olimpija Ljubljana de Eslovenia como fichaje estrella del nuevo propietario, pero solo pudo ganar una Copa eslovena.

Además se convirtió en el primer croata dirigiendo un equipo serbio, algo que no había sucedido desde la Guerra de los Balcanes.

Sin embargo, al año siguiente el rendimiento fue peor y se hundió en los puestos de descenso.

Dos días después disputó su primer encuentro oficial, correspondiente a la clasificación para la Eurocopa 1996, ante Ucrania en el Estadio Maksimir.

[27]​ En el grupo H ganaron a Jamaica y Japón sin apuros pero perdieron contra Argentina, por lo que clasificaron en segunda posición.

El centrocampista nunca ocultó su decepción y consideró que Blažević le había hecho la «mayor humillación de mi vida».

Estuvo más de dos años sin jugar compromisos internacionales, pero finalmente fue convencido para regresar en agosto del 2000.

Su último gran torneo fue la Copa Mundial de 2002 pero solo disputó un partido, el que además fue su retirada internacional.

[40]​ Su estilo recibió críticas por parte de algunos aficionados del Real Madrid, si bien es cierto que allí jugaba en una posición distinta a la habitual.

Vicente del Bosque, su último entrenador en ese equipo, le recuperó para la mediapunta y definió sus actuaciones de la siguiente forma: «No se puede negar que es individualista.

[41]​ Sus puntos débiles como futbolista eran las lesiones musculares (que le apartaron del campo casi toda la temporada 1991-92) y su falta de motivación.