Se formó en las reservas del Club Deportivo Olimpia, exactamente con FBO (Fuerzas Básicas Olimpistas).

En el año 2012, y a petición del entrenador argentino Danilo Javier Tosello, Flores fue ascendido al plantel de primera división del Olimpia donde está jugando en la actualidad.

Es referido como una de las grandes promesas en el mediocampo del Club Deportivo Olimpia a futuro.

En 2015 estuvo a prueba en el Fútbol de Dinamarca, en el Club FC Midtjylland donde permaneció por 14 días.

[1]​ En ese torneo anotó un gol en el empate 2-2 ante Eslovaquia.