En su primera temporada consigue el ascenso a Primera Nacional y en la siguiente, la 2005-06, logra el ascenso a la Superliga, máxima categoría del fútbol femenino en España.

La temporada 2009-10 con el cambio de formato, en la primera fase consiguieron el 3.er puesto y lograron clasificarse pasa la segunda fase y jugaron por ganar el título.

En esa segunda fase quedaron en séptima posición solo por encima del Levante UD.

En la temporada 2010-11 y con el mismo formato que la temporada anterior, en la primera fase consiguió el primer puesto empatando a puntos con el Athletic Club, en la segunda fase, luchando por el título de liga, quedaron 8.ª.

Xabier Illarreta y Aintzane Encinas forman la dirección técnica del equipo, junto con Ander Ruiz como entrenador de porteras e Iker Domínguez como preparador físico.