[1]​ La práctica del baloncesto se inició en el Canoe en 1941, siendo actualmente el segundo Club más antiguo de Madrid.

La Sección se desarrolló rápidamente, teniendo campo propio en los solares de las calles Barceló (1944 a 1951) y Palos de la Frontera (desde 1952 a 1969).

Durante la década de 1950 a 1960 el baloncesto fue el soporte y aglutinante del Canoe, al decaer la natación por falta de piscina cubierta.

Ha aportado numerosos jugadores a las selecciones españolas señor, júnior y juvenil masculina.

Actualmente la Sección tiene doce equipos con 140 jugadores y mantiene una Escuela de Baloncesto con niñas y niños.