El rey le otorgó su reconocimiento y le dio el nombre de San Luis en honor a su esposa, María Luisa de Parma, llamándose los primeros años Real Academia de las Tres Nobles Artes de San Luis.
La Academia se halla subdividida en siete secciones: arquitectura, escultura, pintura, música y danza, literatura, grabado y artes suntuarias, y artes de la imagen.
En su organización, mantiene quince delegaciones en las tres provincias aragonesas, que representan los Académicos Delegados.
A partir de junio de 2009, ostenta la Presidencia de la Real Academia Domingo Buesa Conde, siendo sus vicepresidentes primero y segundo Fernando Alvira Banzo y Miguel Caballú Albiac, respectivamente.
Asimismo, el secretario general es Armando Serrano Martínez.