Comenzó su carrera en las inferiores del Brande IF a la edad de 6 años.

Firmó un contrato profesional con el club por cinco años.

[6]​ Completó tres, jugando más de cien partidos y ganando en todas ellas la Bundesliga y la Copa de Austria.

[10]​ La siguiente campaña también fue prestado, esta vez al Eintracht Fráncfort.

[14]​ Nissen es sobrino del exjugador de Sturm Graz, Sigurd Kristensen, y es primo de Leon Jessen.