Para el segundo semestre del año 2007 fue cedido esta vez a Defensa y Justicia que también jugaba en la Primera B Nacional.

En los seis meses que estuvo en el club no logró demostrar buenas actuaciones jugando solo 12 encuentros.

Ya para la temporada 2009-10 se ganaría un puesto de titular jugando 27 duelos por el torneo croata, siendo titular en 18 de ellos marcando en seis ocasiones y dando 7 asistencias aunque su club tendría una irregular participación terminando en el noveno sin lugar sin opción de clasificarse a torneos internacionales, Ramón tendría destacadas actuaciones contra el Hajduk Split (clásico rival del Rijeka) anotando un doblete en el triunfo por 2-0[3]​ y contra el NK Međimurje Cakovec anotando otro doblete y una asistencia en la goleada por 4-0.

[4]​ Mientras que por la Pre-Europa League su equipo llegaría hasta la tercera fase previa siendo eliminados por el Metalist Járkov de Ucrania.

[6]​ Ramón tendría actuaciones extraordinarias siendo vital para que su equipo logré llegar a las semifinales del Apertura, en esa histórica campaña jugó 20 partidos (siendo titular en todos) y marcando un gol en los 1.560 minutos que estuvo en cancha, siendo de los que más jugó en la escuadra de Emiliano Astorga, sufriendo una expulsión contra la U en la fase regular perdiéndose solo 1 partido durante toda la campaña calerana.

El 27 de noviembre anotó su cuarto gol en ese torneo en la victoria por la cuenta mínima sobre Santiago Wanderers en la última fecha algo que les ayudó a terminar en el séptimo lugar nuevamente y clasificándose a Playoffs donde se enfrentaron con Cobreloa en los cuartos de final.

Su paso por el cuadro calerano lo llevó a ser parte del equipo ideal de la revista El Gráfico.

[11]​ Debutó en un partido oficial el 27 de enero del 2012 frente a Deportes Antofagasta, en el cual anotó su primer gol con el cuadro celeste.

[20]​ En ese histórico subcampeonato para la ciudad de Rancagua, Fernández anotó ocho goles en 21 partidos en total e hizo una de las duplas más destacadas del torneo habilitando a Enzo Gutiérrez, principal goleador del campeonato.

Por la fecha 16 anotaría por tercera jornada consecutiva en la estrepitosa caída por 1-5 ante Audax Italiano, este resultado eliminó a O'Higgins de los Playoffs.

[30]​ Su segundo gol vino en la décima fecha en el sufrido triunfo por 4-3 sobre Huachipato en el sur, con un magistral tiro libre.

El equipo de Darío Franco terminaría quinto en su irregular campaña con 30 puntos, a ocho del campeón Unión Española.

[36]​ El 2 de febrero marcó en la igualdad 2-2 con Deportes Antofagasta mediante un certero tiro libre por la quinta fecha del Torneo de Clausura, cuatro días después enfrentaron a Guaraní en el Estadio Defensores del Chaco por el duelo revancha, lograría marcar al minuto 53 el empate 1-1 clavando un derechazo, luego Jorge Benítez anotó el 2-1 para los paraguayos al 64 aprovechando un error de Marín, después Isaac Díaz y Patricio Rubio al 90+2' sellaron la remontada azul en Paraguay ganando 3-2 y clasificándose al Grupo 5 por un global de 4-2,[37]​ Ramón sería elegido la Figura del Partido tras tener un notable segundo tiempo luego de haber estado ausente casi todo el primero, salió al minuto 89 por César Cortés.

[43]​ El 6 de diciembre se disputó la última fecha del Torneo de Apertura la U, Santiago Wanderers y Colo Colo jugaron en simultáneo para definir al campeón del torneo, la U y Colo Colo llegaron igualados con 41 puntos y Wanderers con un punto menos, la U definía con Unión La Calera en el Nacional, mientras que Colo Colo y Wanderers en Valparaíso, en un reñido partido los azules lograron abrir la cuenta recién al minuto 89 tras un polémico penal convertido por Gustavo Canales desatando la algarabía en el coloso de Nuñoa, tres minutos después al 90+3' Matías Mier abrió la cuenta en Valparaíso para Wanderers y al 90+5' Gonzalo Barriga sepultó las aspiraciones albas, Ramón jugó como titular ese partido clave por el título recibiendo amarilla y saliendo al 67 por Juan Ignacio Duma, por ende la U fue campeón del Apertura con 44 puntos (uno más que Wanderers) bajando su estrella número 17.

[44]​[45]​ Tendría un torneo bastante regular jugando 14 partidos (11 como titular) marcando en 2 ocasiones y siendo una de las piezas vitales en la estrella 17 del club universitario.

El 15 de febrero del 2016 marcó el único gol en la victoria por 1-0 sobre San Marcos en el norte y en un duelo que terminó con tres expulsados, todo empezó al minuto 56 luego que Marco Sebastián Pol le pegará un codazo que dejó sangrando a Raúl Osorio desatando el conflicto, Pol se iría expulsado pero no quedó ahí, ambos ambos equipos se descontrolaron y Pedro Carrizo con Fernández también recibieron tarjeta rojas por insultos y agresiones.

El guardameta ariqueño intento golpear al ex azul y el juez de línea los alcanzó a ver.

Al minuto 43 Renato González se despachó un precioso zurdazo angulado desde fuera del área marcando el 1-0 para el campanil y silenciando a toda la ciudad de Rancagua, al minuto 54 de partido Fernando Manríquez vio adelantado a Carranza pegándole desde la mitad de la cancha, el golero celeste la alcanzó a tocar pero no pudo evitar el 2-0 para la UdeC, O'Higgins no tiro la toalla y al 72 Braulio Leal la empujó en la línea para marcar el descuento, en ese mismo minuto Ramón Fernández salió por Leandro Sosa.

[54]​ Tras esto debieron disputar la Liguilla Pre-Sudamericana para definir al equipo que obtendrá el cupo de "Chile 2".