Corre desde su nacimiento en las Montañas Laguna hacia el suroeste, donde está confinado por dos represas, Barrett y Morena, para abastecer de agua a la ciudad de San Diego.Río abajo, el agua fluye a través de Tijuana en un canal de concreto hasta la frontera internacional; allí continúa hacia el oeste a través del Valle del Río Tijuana por una distancia de aproximadamente 12 km hasta el estero y luego hasta el Océano Pacífico.Fluye hacia el oeste, bordeando la frontera internacional al sur de San Diego.El río está confinado en México al sureste de Tijuana por la presa Abelardo L. Rodríguez para agua potable y riego (Distrito de riego del Valle del río Tijuana).Partiendo de la línea fronteriza hasta el puente del ferrocarril Vía Corta Tijuana-Tecate, que se localiza en las inmediaciones del complejo escolar Agua Caliente.
