El equipo se fundó en 1988 como Cadonsa Pinto, y durante varios años transitó por las categorías regionales de Madrid.

En ese tiempo, el club cambió su nombre por el de Pinto Fútbol Sala.

Con una plantilla nutrida de jóvenes y veteranos dirigida por Luis Fonseca, Pinto FS dio la sorpresa al finalizar sexto la temporada regular.

Una vez en los playoff por el título, Pinto derrotó al FC Barcelona Mobicat y cayó en semifinales ante Inter Movistar.

El club tuvo que reestructurarse por completo, vender a sus mejores jugadores y remodelar toda su plantilla.