[2]​ Además, escoger capítulos o entrar a batallas directamente desde las opciones extra reiniciarán el nivel de cada chica.

[3]​ La parte roguelike es la batalla principal, por lo cual, los jugadores deben vigilar los parámetros HP, MP y Soul Gem.

En ese caso, se desbloquea el siguiente capítulo (La ruta Mami), que cuenta los eventos antes de la crisis.

En ese caso, Homura hace un segundo reinicio en el juego, ya que el primero fue en la ruta Mami.

La ruta Kyoko que es el cuarto capítulo, se desbloquea si Madoka y Homura obtiene la Soul Gem de Sayaka antes que Kyoko en el capítulo anterior, y esta no se encuentra totalmente negra.

Tras la batalla final contra Walpurgisnacht, Homura hace un último reinicio de tiempo debido a que Madoka se ha convertido en bruja en el proceso, "Kriemhild Gretchen", independiente de que si ella misma mata a Kyoko o no.

La ruta secreta requiere completar el capítulo final y parodia varios eventos dentro del juego.

Poco después de la emisión del cuarto episodio, los dos productores se encontraron en el Evento Machi Asobi, en Tokushima, y decidieron desarrollarlo.

[1]​ Los productores eligieron la PSP como plataforma porque pensaron que es la consola más usada por los fanes de la serie.

Al igual que cualquier otro juego de mazmorras, solo se puede mover por cuadros.