Al borde de una cascada, un extraterrestre humanoide espera mientras una enorme nave espacial, que permanecía inmóvil, empieza a alejarse.

[6]​ En 2089, los arqueólogos Elizabeth Shaw y Charlie Holloway descubren un mismo mapa estelar en escrituras de varias antiguas culturas sin contacto entre ellas.

También estudia lenguas antiguas, como el protoindoeuropeo, a través de la fábula La oveja y los caballos, e inglés con entonación británica, mediante filmes del siglo XX como Lawrence de Arabia.

La directora de la misión, Meredith Vickers, les ordena que eviten hacer contacto sin su permiso.

Prometheus aterriza cerca de una gran estructura artificial, que una parte del equipo explora.

Millburn y Fifield, que se han perdido en el laberinto de pasadizos, quedan atrapados en la estructura.

Luego descubre que Peter Weyland ha viajado en hipersueño a bordo de la Prometheus.

David advierte a Shaw por intercomunicador que el Ingeniero sobrevivió al impacto y se dirige hacia ella.

Shaw envía un último mensaje de advertencia, diciendo que nadie debe acercarse a ese planetoide.

Sin embargo, Cameron abandonó el proyecto después de conocer que Fox estaba persiguiendo Alien vs.

[38]​ "Creo que sería genial volver atrás, porque me he hecho esa pregunta muchas veces: '¿De donde surgió el Alien?'

Tales ideas fueron "parcialmente" inspiradas en los escritos sobre antiguos astronautas de Erich von Däniken.

Dijo: "Mientras que Alien fue ciertamente el punto de partida para este proyecto, de entre el proceso creativo evolucionó una nueva, grandiosa mitología y universo en la cual esta historia original tiene lugar.

[57]​ En julio de 2011, Scott declaró que "al final del tercer acto empiezas a darse cuenta de que hay un ADN del primerísimo Alien, pero ninguno de las posteriores [películas]"[58]​ y lo denominó "bastante orgánico para el proceso y para Alien",[58]​ pero mantuvo una distinción entre las dos películas, diciendo "vamos hacia atrás, no vamos hacia adelante".

[58]​ En Comic-Con, Damon Lindelof declaró que la película mantendría tantos efectos prácticos como fuera posible.

[65]​ Roger Christian, director artístico del primer Alien, especuló que la película se rodaría en 3-D,[66]​ lo cual fue confirmado finalmente por Ridley Scott.

[73]​[74]​ La construcción según se informa fue llevada a cabo en Alicante para recrear la nave de los protagonistas en la película.

[75]​ La actriz Charlize Theron afirmó que, durante el set, "Ridley comenzó haciendo una cosa interesante, me hacía estar de pie en esquinas y al acecho todo el tiempo, y terminó siendo realmente misterioso".

[43]​ En términos generales, Rapace compartió, "Estuve allí filmando durante unos seis meses y fue súper intenso, mi cuerpo estaba muy dolorido algunas veces, pero fue absolutamente increíble".

[76]​ Ella también confesó que se sentía como regresando a la Tierra después de la conclusión, en Islandia, del rodaje.

Ridley Scott y Noomi Rapace participaron en el evento, a través de contribución vía satélite, desde Islandia.

[83]​ Una grabación pirata del tráiler sin terminar fue subida a Internet el 27 de noviembre, pero fue pronto eliminada.

[85]​ Una "gancho" promocional, para promover el lanzamiento del primer avance, se puso a disposición en la biblioteca de iTunes Movie Trailers.

[97]​ Lisa Schwarzbaum de Entertainment Weekly fue positiva hacia el elenco, particularmente Rapace, y la fotografía.

[101]​ Peter Bradshaw de The Guardian fue menos crítico pero pensó que Prometeo «[careció] el toque central de Alien, llamándola «más grandiosa y más elaborada, pero menos interesante».

[103]​ Nick Pinkerton de The Village Voice declaró que la película es «propensa a la pesadez superficial», que puede «imitar la apariencia de una película épica, noble e importante», pero falla en recompensar.

[121]​ Ridley Scott dijo que una secuela seguiría a la protagonista a su próximo destino: Añadió que sería necesaria una película adicional para cerrar la brecha entre la secuela de Prometheus y Alien.

[129]​[130]​ El director volvería a ser Scott, tras lo cual realizaría la secuela de Blade Runner.

[136]​ Durante el Festival Internacional de Cine de Toronto, el cineasta afirmó que Michael Fassbender volvería a trabajar en ella, en la que también repetiría Noomi Rapace, estando programada para que su producción comenzara en el mes de febrero y añadiendo estar ya en preproducción para comenzar a rodar en Australia o Canadá.

[137]​ Ridley Scott declaró en una entrevista para FilmFutter que su intención sería llevar a cabo tres películas más de Prometheus.