Los Premios Goya fueron creados por la Academia de las Artes y las Ciencias Cinematográficas de España en 1986.
En la siguiente lista se muestra la relación de todos los ganadores del Premio Goya al mejor cortometraje de animación desde la creación de esta categoría ocho años más tarde en la IX edición de 1994.
Los directores que más premios Goya han obtenido al «mejor cortometraje de animación» son Pablo Llorens, Enrique Gato y Pedro Solís García, con 2 estatuillas.
La Academia también entrega el Premio Goya a la mejor película de animación desde la IV edición de 1989.
El premio no se otorgó durante las ocho primeras ediciones de estos galardones.