Este género fue descrito originalmente en el año 1839 por el paleontólogo y naturalista danés Peter Wilhelm Lund.

[2]​[3]​ Etimológicamente el término genérico Phyllomys se construye con palabras en el idioma griego, en donde: φύλλον (phúllon) significa ‘hoja’ y μῦς (mûs) es ‘rata’, ‘ratón’.

Las extremidades son cortas y anchos, todos los dedos están provistos de fuertes garras, excepto el pulgar, que posee una uña aplanada.

Todo ese conjunto comparte afinidades filogenéticas con un clado que contiene los géneros Dactylomys, Olallamys, Kannabateomys, Diplomys y Santamartamys.

[6]​ Además de las especies válidas ya descritas, las inferencias filogenéticas y los datos cariológicos han revelado otros linajes monofiléticos,[7]​[8]​ pero se requieren análisis adicionales para proponer nuevas descripciones formales o asociar estos linajes a especies válidas.