Cuando se separó Checoslovaquia, FK Drnovice obtuvo el ascenso a la Gambrinus Liga.
En el nuevo siglo surgieron problemas, desde el año 2000 estaba cerca de la bancarrota y 1 año después Jan Gottvald vendió al equipo a la desconocida compañía Corimex y fue procesado penalmente junto a otros ejecutivos de fraude financiero en febrero de 2002.
El problema financiero del equipo era tan grande que tuvo que dar prácticamente regalados a 9 jugadores al Marila Příbram semanas antes del final de aquella temporada,[1] incluyendo al entrenador en ese entonces Karel Jarůšek, descendiendo en ese temporada.
En el año 2004, la compañía suiza Sunstone adquirió al equipo, pero al fracasar con los asociados para tener al equipo, vendieron todo lo que compartían con Jan Gottvald y su hijo por 10 millones de Coronas Checas, con lo que Jan Gottvald no tenía poder en el equipo.
En enero del 2006 tenían al máximo sus problemas financieros, a los jugadores no les pagaban desde el julio del 2005 y eventualmente abandonarían el torneo al final de la Temporada.