En toda su historia solo ha descendido una vez a la primera división, siendo un golpe muy duro para el equipo, pero un año después recuperó el aliento y se reintegró a la liga nacional.
El club nació tras la idea de que cada departamento tuviera su equipo representante, y así paso.
Tras el transcurso de los años, el equipo empezó a ser temible, y su gran táctica hizo que se coronaran campeones en el torneo nacional clausura 1959, pero se daría la sorpresa que dos años después descenderían a primera, tras malos resultados, y la pesadilla solo tardo un año, porque nuevamente ascenderían a la Liga Nacional, solo para que en el Torneo Apertura 1962, se consagraran campeones nuevamente.
Desde el Apertura 2000, el gigante no ha disputado una final, si bien queda en semifinales, queda en cuartos, y siguen tratando de levantarse y dar la sorpresa de ser nuevamente campeones, pero se chocan con la época dorada del CSF C. Guatemala.
En el Clausura 2006, los peteneros se quedaron en semifinales tras perder contra el otro gigante FC Sacatepéquez por un marcador global de 4 a 0, y en el Clausura 2008 solo pudieron llegar a cuartos pero fueron eliminados por el FC Baja Verapaz.