También jugó para FV Plochingen, TSV Schwaikheim, SV Allmersbach, FC Walldorf y Waldhof Mannheim Amateure.

Tras su primera lesión, mientras se recuperaba de la operación, empezó como entrenador junior del FV Calw, cuando solo tenía 17 años.

Por su segunda lesión en la rodilla, tuvo que dejar de jugar en 1993, cuando tenía 27 años.

Después de obtener la UEFA Pro Licence en 2001, comenzó a trabajar como entrenador en algunos clubes profesionales en Austria como DSV Leoben, SV Ried y Wiener Sport-Club.

En diciembre de 2012, Šegrt lideró al equipo que ganó la Copa Walikota en Ternate.

[7]​El croata prometió que utilizaría su experiencia y conocimiento para desarrollar el fútbol en Afganistán.

En la clasificación para la Copa del Mundo de Rusia 2018, Šegrt perdió solo en Japón y ganó otros dos partidos.

Logró el mayor éxito de Afganistán tras clasificarlo directamente a la Copa Asiática por primera vez en la historia del país.

En septiembre de 2018, Maldivas dio una gran sorpresa al ganar la Copa SAFF Suzuki 2018 en Bangladés contra todo pronóstico.

[11]​ Con el croata, el país logró una hazaña histórica y se clasificó para la Copa Asiática 2023, que también es la primera aparición en una competencia de fútbol continental importante.